理事会承担决策职能，通过理事会会议，对基金会战略规划、年度计划、项目资助预算等重大事项进行审议和审批。基金会第三届理事会由19名理事构成，任期3年（2021.12-2024.12）。
为汇集社会各界资源推动深圳国际交流合作，不断提升机构影响力，基金会设永远荣誉会长（单位）、荣誉会长（单位）、荣誉副会长（单位）、荣誉理事（单位）和荣誉会员（单位）等荣誉职务。
监事依照章程规定的程序监督理事会遵守法律和章程的情况，检查基金会财务和会计资料。监事列席理事会会议，有权向理事会提出质询和建议，并应当向登记管理机关、业务主管单位以及税务、会计主管部门反映情况。
基金会常设办事机构，在理事会闭会期，承办基金会日常工作；为基金会的行政和协调机构。
